——确立“把南京大学建成既是教育中心又是科研中心”的目标
中国共产党南京大学第五届（第三次）代表大会于1979年3月7日召开， 3月21日闭幕，出席大会的代表253名。大会听取和讨论了章德同志代表上届党委所作的工作报告，一致通过了《关于党委工作报告的决议》，并选举了31名新一届党委会委员。会议提出了加强党的领导，带领全体党员和全体师生员工，为把我校建成既是教育中心，又是科研中心而努力奋斗的目标。（由于历史原因造成学校党代会届次混乱，根据校党委意见，此次党代会应为中国共产党南京大学第三次代表大会。）
1981年，已经75岁的匡亚明递交了辞去南京大学党委书记兼校长的辞呈。第二年，国务院批准了他的申请，并任命他为南京大学名誉校长。
匡亚明的一生，是革命的一生，奉献的一生，求索的一生，创造的一生，是永不停息、不断超越的一生。他的集教育家、社会活动家、学者于一身的世纪人生，为我们留下了弥足珍贵的精神财富和永不枯竭的力量源泉。而创建中美文化研究中心和中国思想家研究中心，建议中央“建设一批世界先进水平的一流大学”，主编《中国思想家评传丛书》，主张打通文史哲、开办大文科，倡导开设“大学语文”等，更是其教育思想的精彩体现。
1981年南京大学开始招收博士生，1984年被列为国家首批试办研究生院单位。在1995年全国试办研究生院的评佑中，南京大学名列第三，受到了教育部的表彰，并被批准正式成立研究生院。著名物理学家、中科院院士冯端担任首任院长，曲钦岳、孙义燧、吴培亨、程崇庆、吕建、王振林先后任院长。
1981年，南京大学被列入国务院批准的首批博士、硕士、学士学位授予单位。
1982年，国家启动新的科学研究奖励制度，南京大学有7项成果荣获首届国家自然科学奖，开启了我校“夺金摘银”的进程。
冯端（左）、王业宁、闵乃本、李齐等完成的“晶体缺陷的研究”， 获1982年国家自然科学二等奖。
徐克勤（中）、郭令智等主持的“华南花岗岩地质、地球化学及其成矿规律的研究”， 获1982年国家自然科学二等奖。
1982年，由教育部、地质部、国家科委、外交部和总参谋部会签，经国务院批准，于10月26日在我校召开国际花岗岩学术讨论会。这是我国综合性大学在地球科学方面召开的第一次国际学术会议。这次会议的召开，是对我校地质系花岗岩研究成果的大检阅。
1982 年，南京大学成立八十周年之际，为了永远缅怀革命先烈，南京大学全体师生筹资建造了南京大学革命烈士纪念碑，纪念碑底座为正方形，碑身正面写有“革命烈士永垂不朽”八个大字，碑的背面镌刻着21位烈士的姓名和简历。
为更好地继承烈士遗志，发扬革命传统，对南大青年进行革命传统教育，1982年3月18日，学校党委常委会通过决议：“在校庆八十周年和‘五二〇’运动卅五周年纪念日，建立烈士纪念碑。纪念在我校学习或工作期间牺牲的烈士。纪念碑建在教学楼北面高坡上。”革命烈士纪念碑位于鼓楼校区北园。图为纪念碑落成典礼现场。
纪念碑的正面中堂刻有“革命烈士永垂不朽”八个金色大字，背面刻有21位烈士的姓名和简历，其中有20位是在建国前牺牲的，一位是在建国后牺牲的。这21位烈士是南京大学校史（包含南高师时期、东南大学时期、中央大学时期、金陵大学时期、南京大学时期）上牺牲的烈士中的代表，代表了南大师生的爱国、爱校的传统和情怀。
纪念碑上有一位建国后牺牲的烈士，名叫陈万里，是来自新加坡的华侨青年，就读于南京大学中文系。1959年7月，南京大学鼓楼校区东大楼失火，归国华侨、文学院大二学生陈万里奋不顾身，多次冲进火海抢救国家财产，身受重伤，壮烈牺牲，时年仅23岁。为表彰他的英勇事迹，中共南京大学党委追认他为中共正式党员，南京市民政局授予他“革命烈士”称号。
陈万里
祖籍福建安溪同美乡(今安溪县城厢镇同美村)，1936年10月出生于新加坡古狮岛。1954年春天响应祖国号召回国，先是被分配到厦门市集美华侨补习学校学习，后于1955年夏天考入苏州市第三中学学习。1956年10月，陈万里加入中国新民主主义青年团；1957年秋天，他又递交了入党申请书。1958年秋天，陈万里考入南京大学中文系学习。
全国人大常委会副委员长何香凝为他题词：“热爱国家财产，热爱社会主义事业，你是华侨同学的模范。”郭影秋书记亲笔书写挽词：“万里同志千古：火山在崩，地下泉在涌!一个真正的人的力量，一个共产主义战士的力量，要大过它们一千倍，一万倍！郭影秋敬挽。”时任江苏省委宣传部副部长陶白题词：“临难不畏，是我们学习的榜样。”
陈万里的遗体于1959年7月18日安葬于南京市南郊的雨花台。2015年2月22日，陈万里烈士的遗体由墓地迁出，火化后安葬于南京市殡仪馆英烈墙。由现代著名教育家、时任南京大学校长兼党委书记的郭影秋撰碑文；著名学者、诗人、著名书法家、时任南京大学图书馆馆长的胡小石教授书写的陈万里烈士墓碑由南京大学文学院捐赠校史馆永久保存。
为了弘扬优秀的民族文化，实现毛泽东同志早在三十年代就提出的“从孔夫子到孙中山，我们应当给以总结，承继这一份珍贵的遗产”这个马克思主义者义不容辞的历史任务，已故南京大学名誉校长、国务院古籍整理规划小组组长匡亚明教授于八十年代提出了组织撰著《中国思想家评传丛书》的规划，于1983年1月25日得到国家教育委员会的批准建立了“中国思想家研究室”。并于1986年11月，在南京大学建立了中国思想家研究中心，作为组织编撰《丛书》的研究机构和办事机构，由匡亚明亲任“中心”的名誉主任。
1983年1月25日，国家教育委员会批准建立“中国思想家研究室”的文件，以及1986年11月，南京大学批准建立“中国思想家研究中心”的文件。
1983年5月中旬，教育部在武汉召开全国高等教育工作会议。与会的南京大学名誉校长匡亚明和浙江大学名誉校长刘丹、天津大学名誉校长李曙森、大连工学院名誉院长屈伯川“四老”共同讨论并起草了一份给中共中央书记处的建议书。这份5月15日寄出的材料题为《关于将50所左右高等学校列为国家重大建设项目的建议》。
1987年全国高教工作会议时，副总理李鹏接见匡亚明（左一）等四位大学名誉校长。
1983年5月19日，匡亚明专门给邓小平同志写信，再次建言献策：“希望中央像抓重点经济建设那样，选定顺应现代科学技术与高教发展趋势的50所左右高等学校，列入国家重点建设项目，集中投资。”此事引起了邓小平等党和国家领导人的高度重视，不但导致了七五计划期间“建设‘重中之重’”的重大决策，而且开启了90年代“211工程”和“985工程”的先河。
1985年9月10日，南京大学隆重召开庆祝首届“教师节”大会，名誉校长匡亚明在会上提出三点意见：
一、教育事业是全人类不断发展前进过程中的巨大动力。
二、教师是这个巨大动力的体现者。
三、教师必须不断进行自我教育，走在时代的前列。
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