南京大学档案馆成立于1986年，是全国最早成立的高校档案馆之一，为学校直属业务单位（正处级建制）。历经近四十载建设耕耘，已发展为两城四校区八馆合体（含档案馆、校史馆、名人馆等）的综合性档案与史志管理展陈研究性机构，总建筑面积超2.3万平方米，是南京大学档案永久保管基地、档案信息服务利用中心、档案文化建设与展示中心、爱国荣校教育中心、学校史志研究中心。本馆所藏资料丰富，信息化程度较高，曾两获“全国档案系统先进集体”称号，并成为“国家一级科技事业单位档案管理”单位、江苏省档案工作五星级单位等。

南京大学校史博物馆，自1999年5月开始由档案馆负责筹建，在校领导及全校广大师生、海内外校友等多方的大力支持下，终于在南京大学百年校庆之际开馆。 校史博物馆建在南京大学老图书馆（原金陵大学图书馆）内，使用面积1400平方米，展区面积约1000平方米。原中央大学校长顾毓琇为校史博物馆题写了馆名。场馆展出了南京大学历史上不同时期形成的1600多幅照片、700多件史料、实物、模型，成为校史研究、文化交流的重要展示平台，并承担校史文化传播、教育互动等重要职责。获评“江苏省爱国主义教育示范基地”“江苏省科学家精神教育基地”等。

仙林校区校史馆位于南京大学仙林校区中心地带、“五二〇广场”北侧，馆舍由哈佛大学建筑学系原主任雷斯顿·科恩设计，设计风格独特，于庄重沉稳之中不乏现代明快的色彩。展馆总建筑面积5000平方米，分为三层，形成集校史展、成果展、人物专题展等于一身的综合性文化展馆。该馆所在楼宇由南京大学校董沈小平先生捐资支持建造，遂命名为“沈小平楼”。2008年开工建设，2010年正式投入使用，2022年学校120周年校庆期间出新改造，2025年相关展厅引入AI导览机器人等设施。

正在建设中，敬请期待。

拉贝与国际安全区纪念馆于2006年10月31日建成。建馆以来，由南京大学档案馆先后派出十多人次赴北京、天津、上海、浙江、江苏等地电视台、新华书店、档案馆、博物馆、纪念馆及德国国家档案馆、德国外交部档案馆、拉贝亲属家中，征集、复制有关史料、照片1000 多件（张）和拉贝日记复制件 800 多页，撰写了 100 多页中英文对照的展版，采集了 50 多项有关拉贝、南京大屠杀和国际安全区的录像。近年来，拉贝纪念馆接待海内外重要嘉宾及各类访客200余万人次，在和平爱国教育、传播和平思想、传承和平文化等领域发挥重要作用，获评“全国重点文物保护单位”，入选“国家级抗战纪念设施及遗址名录”等。

2012年5月19日，为迎接南京大学110周年校庆暨纪念赛珍珠诞辰120周年，南京大学档案馆负责完成南京大学赛珍珠纪念馆的筹建工作，收集了赛珍珠著作百余部及大量的照片、实物等史料，大部分为民国时期的档案，以供展示，将坐落于南京大学鼓楼校区的美国女作家赛珍珠的故居重新修复并开馆，使得这座有着100多年历史的小楼重焕光彩。赛珍珠纪念馆首批入选“世界文学之都·地标网络”。