南京大学校徽设计定型于1987至1988年间。校徽设计由当时的校长办公室牵头，在全校广泛征求意见，同时借鉴国内外有关大学的设计理念和风格，在此基础上成稿定型。曲钦岳校长、余绍裔副校长就南大校徽设计提出了一些理念等方面的建议，并提供霍普金斯大学、北京大学等国内外大学的校徽作参考。

因地质系徐富林老师具有美工方面的专长，故请其负责草拟图案。定稿后，吴士存联系厂家制作样本，校领导认可定型后，校办起草文字说明并发文全校通知正式启用校徽。

南大校徽外形采用盾形设计，隐喻坚不可摧。校徽从左下方环绕至右下方为校名英文“NANJING UNIVERSITY”。校徽正中为南京市树——雪松，植根于书卷之中，寓意坚韧不拔和知识之树长青。雪松下方的“1902”字样，明示南京大学建校时间为1902年。校徽上方中部为由“南京大学”艺术字体所组成的圆形图案，其两旁各有一只金陵辟邪（貔貅），象征南大所在城市六朝古都南京。

2024年10月19日，时任校长办公室副主任吴士存校友将首枚南京大学徽标样本等及其他珍贵史料捐赠给了南京大学档案馆。

捐赠现场吴士存讲述设计、制作校徽的故事